SuperDuper es mi herramienta de backups favorita. Te permite clonar todo tu disco duro, o tu carpeta users. La primera vez tarda bastante. Pero las siguientes veces puedes actualizar solo lo que has cambiado en tu disco fuente. Ahorrando de ese modo muuucho tiempo. Por otro lado hace el disco bootable de forma que si tu HD interno queda inutilizado siempre puedes arrancar desde el externo. Yo uso un USB 2.0 y claro que se nota un poco en el rendimiento pero funciona a las mil maravillas. Es una pena que sea de pago, pero no es excesivamente caro. Más o menos lo que me dejo un día en copas.
Puedes descargarlo aquí.